O ex-padre José Manoel da Conceição (1822-1873), foi o primeiro brasileiro a ser pastor (1865). Visitou incansavelmente dezenas de vilas e cidades no interior de São Paulo, Vale do Paraíba e sul de Minas, pregando e fundando comunidades.
O ano de 1869 marca uma nova etapa na história da IPB por ser o ano da chegada dos missionários da Igreja Presbiteriana do sul dos Estados Unidos. Nesta época, em virtude dos problemas políticos enfrentados nos Estados Unidos, havia duas Igrejas Presbiterianas: uma do norte do país (a PCUSA) - que enviou os primeiros missionários ao Brasil - e outra no sul (a PCUS).
Os primeiros missionários da Igreja do sul dos Estados Unidos a vir para o Brasil foram George Nash Morton e Edward Lane. Seu trabalho concentrou-se no interior de São Paulo, tendo fundado, em 1870, a Igreja Presbiteriana de Campinas. As regiões da Mogiana, o oeste de Minas, o Triângulo Mineiro e o sul de Goiás foram atingidos por outros missionários que os seguiram, dentre eles o Rev. John Boyle.
Rev. Belmiro CésarA expansão da IPB no norte e no nordeste do país deve-se ao trabalho pioneiro dos missionários da PCUS. Dentre os muitos nomes deste período fulguram o do missionário John Rockwell Smith, que fundou a Igreja Presbiteriana do Recife, em 1878, e o Rev. Belmiro de Araújo César, um dos primeiros e mais conhecidos pastores brasileiros do nordeste.